2002年7月WHI荷爾蒙治療臨床研究報告，發表於JAMA雜誌後，立即引起醫界及民眾廣泛的關注及討論。台灣更年期醫學會於2002年8月13日提出七點建議，以釋大眾之疑惑；北美更年期醫學會（NAMS）於2003年9月發表其立場聲明，國際更年期醫學會（IMS）亦於2004年2月提出其指導聲明。
台灣更年期醫學會參照上述聲明之主要內容，再佐以本土相關研究報告，於2004年5月6日提出「2004年台灣更年期醫學會荷爾蒙治療指引」，做為本會會員及其他相關醫師施行荷爾蒙治療的依據與參考。
近年來眾多研究報告陸續出爐，依據〝實證醫學〞的規範，IMS及NAMS已將其聲明做了重大修正，故本會於2007年8月13日，依據新的證據將2004年的治療指引做了修正與更改。以下十二點為“2007年台灣更年期醫學會荷爾蒙治療指引”（Hormone Therapy Guidelines : 2007 Taiwanese Menopause Society Position Statement）。
荷爾蒙治療包括雌激素、黃體素（Progestogens）、雌激素合併黃體素所有製劑及Tibolone。
1、 使用荷爾蒙治療前，所有婦女都應接受完整的評估及檢查，持續使用荷爾蒙治療的婦女，每年至少應接受定期檢查一次。
2、 醫師應提供專業諮詢，告知婦女荷爾蒙療法的效益與可能發生的風險，以決定是否需要使用。
3、 荷爾蒙治療仍為緩解婦女更年期症狀（如熱潮紅、盜汗、心悸、失眠、陰道萎縮乾澀、泌尿道萎縮症狀等）最有效的方法。如僅為治療局部症狀(如陰道萎縮、性交困難、萎縮性尿道炎等)建議使用局部性雌激素療法。低劑量陰道雌激素治療不需合併使用黃體素。
4、 荷爾蒙治療已證明可降低停經後骨質疏鬆症骨折及大腸癌的危險。停經婦女應做一次DXA（Spine AP View）之骨密度測定，若確定為骨質疏鬆症，且無特殊禁忌，則建議使用荷爾蒙治療五年以上。早期卵巢衰竭及年齡小於60歲的停經婦女，若經評估有骨質疏鬆症危險因子者，得以荷爾蒙療法為首選治療藥物。
5、 目前證據充分顯示，60歲以前使用荷爾蒙治療，具有保護心臟血管的作用；長期持續使用超過60歲則建議須評估風險。但建議不要只為了預防心血管疾病而使用荷爾蒙治療，對停經並保有子宮的婦女，可使用其他藥物或方法來降低心血管疾病。
6、 停經初期婦女（Early Post Menopause）如使用賀爾蒙治療，引起乳癌增加的機率極低。雌激素合併黃體素治療超過五年，發生乳癌危險性會少許升高，但乳癌風險升高的程度，並不具統計學的意義。
7、 根據2004年WHI研究報告顯示，子宮切除之停經婦女單獨使用雌激素，會增加中風之危險，但顯著減少股骨頸骨折之危險。平均使用雌激素6.8年，乳癌的發生率稍減，同時不會影響冠心病發生率。
8、 子宮完整的婦女使用雌激素治療時，應同時處方適當的黃體素，以預防子宮內膜增生；對無子宮的婦女則無需處方黃體素。合成黃體素（Progestins）似乎會有促進乳癌及冠心病之不良作用。
9、 針劑荷爾蒙療法，因其長期使用之療效及危險性仍未確定，不建議使用。
10、 荷爾蒙治療在停經10年以內就開始使用，則其效益高且風險低，使用時應優先考慮低劑量療法。
11、 停經婦女不需常規補充男性荷爾蒙，但對男性荷爾蒙缺乏之停經婦女（如曾接受雙側卵巢切除或腎上腺功能失調婦女），則有顯著療效（如提昇生活品質及改善性功能）。
12、 雖然有些報告認為植物性雌激素對更年期症狀之改善有所幫助，但其療效有限，與安慰劑相比較，無顯著差異。因臨床研究證據不足，在選擇此類產品時，須謹記「並非所有植物性雌激素皆安全有效，臨床驗證與否是唯一的保障」。

台灣更年期醫學會Hormone Therapy Guidelines工作小組
周松男（召集人）、黃國恩、李昭男、蔡英美、宋永魁、楊再興、葉聯舜、蔡永杰
2007年8月13日